La primera prueba de estrés e independencia real a la que se suelen enfrentar los niños es el ingreso a la escuela. En ese momento deben separarse de sus padres y quedarse con personas desconocidas por lo que, si no se tiene cuidado y el niño es muy sensible, pueden surgir problemas que den lugar a traumas. Hay niños que no tienen dificultades para tomar el autobús escolar o leer en voz alta delante de la clase, pero para otros estas situaciones son muy tensionantes y pueden desencadenar un rechazo a la escuela, que más tarde puede convertirse en una fobia.
De hecho, cuando se trata de un niño pequeño, la fobia escolar suele estar vinculada con la ansiedad de separación. En estos casos, los niños lloran y se aferran a los padres porque no quieren separarse de ellos. Vale aclarar que la ansiedad de separación es normal hasta los tres años pero más tarde, en la edad escolar, se puede convertir en un trastorno. A menudo se debe a que el niño es demasiado tímido, ya sea debido a un rasgo de su carácter o a que ha sido sobreprotegido o no se ha estimulado su independencia, por lo que cuando se encuentra lejos de los padres, pierde su fuente de apoyo y seguridad, no tiene confianza en sí mismo.
En otros casos, la fobia a la escuela está vinculada con alguna situación estresante en el hogar, como un divorcio o la muerte de un ser querido. El niño suele pensar que si se ausenta de casa sucederá algo malo, por lo que no quiere ir a la escuela.
Otras veces la fobia escolar es el resultado de un problema en el colegio, como puede ser un episodio de bullying o el miedo a quedar en ridículo debido a su desempeño académico.
También se conoce que los niños que han pasado muchos días en casa, ya sea debido a una enfermedad o después de unas vacaciones, tienen problemas para retomar la rutina escolar, por lo que pueden desarrollar un rechazo a la escuela. De hecho, no es un secreto que muchos prefieren quedarse en casa para ver la televisión y jugar antes que ir a la escuela, donde hay una serie de reglas que deben cumplir. Pero tenemos que diferenciar una preferencia normal en un niño de un miedo incapacitante, como es la fobia escolar.
No obstante, lo más usual es que si se le pregunta al niño por qué no quiere ir a la escuela, no sepa responder. A veces puede indicar que le teme a un profesor, que no se siente cómodo con una asignatura o que algunos de sus compañeros de clase le molestan, pero en muchos casos se trata de una angustia difusa y resulta difícil concretar el motivo.